**本文不再维护更新，最新版本的GMT的安装方法见 http://docs.gmt-china.org/install/linux.html **

注意： 为 Ubuntu 和 CentOS 用户写了一个快速安装脚本，见 gmt-easy-installer。有兴趣的可以试着安装，也欢迎测试各种不同的平台。

本文介绍如何在 Linux 下安装 GMT 5.2.x。

GMT 5.2.x 系列的安装与 GMT 5.1.x 系列的安装稍有不同，故而在前文基础上单独写一篇。

说明：

  1. 仅适用于 5.2.1
  2. 所有命令均在一般用户下完成，需要 root 权限的命令都用 sudo 执行

下载

GMT 5.2.1 需要下载三个文件：

  1. GMT 源码： gmt-5.2.1-src.tar.gz
  2. 全球海岸线数据 GSHHG： gshhg-gmt-2.3.5.tar.gz
  3. 全球数字图表 DCW： dcw-gmt-1.1.2.tar.gz

GMT 5.2.1 的源码包中，没有自带官方的 PDF 文档，需要额外下载：

  1. GMT_API.pdf
  2. GMT_Docs.pdf
  3. GMT_Manpages.pdf
  4. GMT_Tutorial

下载完成后，可以用 md5sum 检查压缩文件的 md5 值，以保证该文件是完整且未被篡改的:

$ md5sum gmt-5.2.1-src.tar.gz gshhg-gmt-2.3.5.tar.gz dcw-gmt-1.1.2.tar.gz
df96d3cc9a93bc3c049f1523ada57117  gmt-5.2.1-src.tar.gz
12c6604d779ddd1727e96433da20e147  gshhg-gmt-2.3.5.tar.gz
45c99d30026742dbc0b1644ea64f496d  dcw-gmt-1.1.2.tar.gz

解决依赖关系

基础依赖包

GMT 的编译需要 C 和 C++ 编译器、cmake 等开发工具。

对于 Ubuntu/Debian:

sudo apt-get update
sudo apt-get install gcc g++ cmake make libc6

对于 CentOS/RHEL/Fedora:

sudo yum install gcc gcc-c++ cmake make glibc

GMT 的编译过程要求 cmake 的版本 >=2.8.5 ，需要注意：

  1. 安装 cmake 之后，可以通过 cmake --version 检查 cmake 版本；
  2. CentOS 6.5 的官方源中 cmake 的版本为 2.6.4，版本过低，无法满足要求；
  3. CentOS 6.6 的官方源中 cmake 的版本为 2.8.12，可以满足要求；
  4. 使用 CentOS 6.5 的用户可以 yum update 将系统升级到 6.6，即可使用较高版本的 cmake；
  5. CentOS 6.5 用户若不愿意升级整个系统，则需要先安装 EPEL 源，再安装 EPEL 源中的 cmake28 ，并且在接下来的编译过程中要将 cmake 命令改成 cmake28；
  6. CentOS 7 官方源中 cmake 版本为 2.8.11，可以直接安装使用；

软件依赖包

GMT5 的依赖包，相对来说要复杂很多：

  • 看 PS 文件以及将 PS 转换成其他格式需要 ghostscript
  • 网格文件需要 netCDF （>=4.0，且需要支持 netCDF-4/HDF5）
  • GLib 库：提供了 C 语言下的树、hash、列表和字符串功能
  • Perl 兼容正则表达式库 PCRE
  • 地理空间数据抽象库 GDAL
  • Fourier 变换库 FFTW (>=3.3)
  • 线性代数库 LAPACK 和 BLAS
  • 如果想要自行编译文档的话还需要 Sphinx 以及 TeXLive

对于 Ubuntu/Debian:

sudo apt-get update
# 必须安装的包
sudo apt-get install ghostscript libnetcdf-dev
sudo apt-get install libglib2.0-dev
# 推荐安装的包
sudo apt-get install libgdal-dev python-gdal
sudo apt-get install liblapack3
# 可选的安装包
sudo apt-get install libpcre3-dev libfftw3-dev

对于 RHEL/CentOS/Fedora:

# 安装必须的包
sudo yum install ghostscript netcdf-devel
sudo yum install glib2-devel
# 推荐安装的包
sudo yum install gdal-devel gdal-python
sudo yum install lapack64-devel lapack-devel
# 可选的安装包
sudo yum install pcre-devel fftw-devel

一些需要注意的地方:

  1. 一定不要试图自己手动编译 netCDF，因为手动编译很难解决依赖问题，网上的大多数手动编译 netCDF 的教程中都关闭了 netCDF 对 HDF5 的支持，因而导致 GMT5 无法使用。如果在阅读本文之前曾经手动编译过，一定要将原来手动编译生成的文件删除干净。通常可以使用 locate netcdf 找到 /usr/local 目录下的与 netCDF 相关的文件，直接删除即可。
  2. CentOS 官方源中不带有 netCDF，需要先安装 EPEL 源
  3. pcre、fftw 和 gdal 不是必须要安装的，但是推荐安装。其中 gdal 在做数据格式转换时非常有用；
  4. 其他发行版很久不用了，不清楚细节，读者可以在使用过程中补充。

安装 GMT

将之前下载的三个压缩文件以及四个 PDF 文档都放在同一个目录里，以下假定目录名为 /home/seisman/Desktop/GMT：

# 当前目录名为 /home/seisman/Desktop/GMT
$ pwd
/home/seisman/Desktop/GMT

# 当前目录下包含了三个压缩文件和四个 PDF 文档
$ ls
dcw-gmt-1.1.2.tar.gz  gmt-5.2.1-src.tar.gz  gshhg-gmt-2.3.5.tar.gz
GMT_API.pdf  GMT_Docs.pdf  GMT_Manpages.pdf  GMT_Tutorial.pdf

# 解压三个压缩文件
$ tar -xvf gmt-5.2.1-src.tar.gz
$ tar -xvf gshhg-gmt-2.3.5.tar.gz
$ tar -xvf dcw-gmt-1.1.2.tar.gz

# 将 gshhg 和 dcw 数据复制到 gmt 的 share 目录下
$ mv gshhg-gmt-2.3.5 gmt-5.2.1/share/gshhg
$ mv dcw-gmt-1.1.2 gmt-5.2.1/share/dcw-gmt

# 将 PDF 复制到 doc_release 目录下
$ mv *.pdf gmt-5.2.1/doc_release/pdf

# 切换到 gmt 源码目录下
$ cd gmt-5.2.1

# 新建用户配置文件
$ gedit cmake/ConfigUser.cmake

向 cmake/ConfigUser.cmake 文件中加入如下语句:

set (CMAKE_INSTALL_PREFIX "/opt/GMT-5.2.1")
set (GMT_INSTALL_MODULE_LINKS FALSE)
set (COPY_GSHHG TRUE)
set (COPY_DCW TRUE)
set (GMT_USE_THREADS TRUE)
  • CMAKE_INSTALL_PREFIX 设置 GMT 的安装路径，可以修改为其他路径
  • GMT_INSTALL_MODULE_LINKS 为 FALSE，表明不在 GMT 的 bin 目录下建立命令的软链接，也可设置为 TRUE
  • COPY_GSHHG 为 TRUE 会将 GSHHG 数据复制到 GMT/share/coast 下
  • COPY_DCW 为 TRUE 会将 DCW 数据复制到 GMT/share/dcw 下
  • GMT_USE_THREADS 表示是否开启某些模块的并行功能（CentOS 6.x 下，需设置为 FALSE）

以下几点说明，仅供高阶用户阅读：

  1. GMT 提供了用户配置的模板文件 cmake/ConfigUserTemplate.cmake，其中包含了众多可配置的变量以及大量的注释说明。可以直接将该文件名复制为 cmake/ConfigUser.cmake，然后在模板基础上做修改，以自定义 GMT 的安装。仅供高阶用户使用
  2. CMAKE_INSTALL_MODULE_LINKS 的作用是在 GMT 的 bin 目录下建立命令的软链接，以兼容 GMT4 语法，建议设置为 FALSE
  3. 配置文件中 GSHHG_ROOT 和 DCW_ROOT 可以用于指定数据所在路径。此处已将数据放在 GMT 的 share 目录下，使得在配置过程中 GMT 可以自动找到，因而不需要设置这两个变量
  4. 若系统中存在多个 GMT 的版本，按照上面的做法会存在多个 GSHHG 和 DCW 数据的副本，造成数据冗余。此时，可以将 gshhg 和 dcw 数据放在专门的目录中，比如 /home/seisman/Datas/ 目录下。然后有两种解决办法：

    1. 完全按照上面的做法，在安装完成后，删除 /opt/GMT-5.2.1/share 目录下的 coast 和 dcw 两个目录，并建立两个指向数据的真实数据的软链接:

      $ cd /opt/GMT-5.2.1/share
$ sudo rm -r coast/
$ sudo rm -r dcw/
$ sudo ln -s /home/seisman/Datas/gshhg-gmt-2.3.5 gshhg
$ sudo ln -s /home/seisman/Datas/dcw-gmt-1.1.2 dcw

    2. 设置配置文件如下:

      set (CMAKE_INSTALL_PREFIX"/opt/GMT-5.2.1")
set (GMT_INSTALL_MODULE_LINKS FALSE)
set (GSHHG_ROOT"/home/seisman/Datas/gshhg-gmt-2.3.5")
set (COPY_GSHHG FALSE)
set (DCW_ROOT"/home/seisman/Datas/dcw-gmt-1.1.1")
set (COPY_DCW FALSE)
set (GMT_USE_THREADS TRUE)

继续执行如下命令以检查 GMT 的依赖关系:

$ mkdir build
$ cd build/
$ cmake ..

cmake .. 会检查 GMT 对软件的依赖关系，我的检查结果如下:

*  Options:
*  Found GSHHG database       : /home/seisman/Desktop/GMT/gmt-5.2.1/share/gshhg (2.3.5)
*  Found DCW-GMT database     : /home/seisman/Desktop/GMT/gmt-5.2.1/share/dcw-gmt
*  NetCDF library             : /usr/lib64/libnetcdf.so
*  NetCDF include dir         : /usr/include
*  GDAL library               : /usr/lib64/libgdal.so
*  GDAL include dir           : /usr/include/gdal
*  FFTW library               : /usr/lib64/libfftw3f.so
*  FFTW include dir           : /usr/include
*  Accelerate Framework       :
*  Regex support              : PCRE (/usr/lib64/libpcre.so)
*  ZLIB library               : /usr/lib64/libz.so
*  ZLIB include dir           : /usr/include
*  LAPACK library             : yes
*  License restriction        : no
*  Triangulation method       : Shewchuk
*  OpenMP support             : enabled
*  GLIB GTHREAD support       : enabled
*  PTHREAD support            : enabled
*  Build mode                 : shared
*  Build GMT core             : always [libgmt.so]
*  Build PSL library          : always [libpostscriptlight.so]
*  Build GMT supplements      : yes [supplements.so]
*  Build GMT Developer        : yes
*  Build proto supplements    : none
*
*  Locations:
*  Installing GMT in          : /opt/GMT-5.2.1
*  GMT_DATADIR                : /opt/GMT-5.2.1/share
*  GMT_DOCDIR                 : /opt/GMT-5.2.1/share/doc
*  GMT_MANDIR                 : /opt/GMT-5.2.1/share/man
-- Configuring done
-- Generating done

正常情况下的检查结果应该与上面给出的类似。若出现问题，则需要检查之前的步骤是否有误，检查完毕后重新执行 cmake .. ，直到出现类似的检查结果。检查完毕后，开始编译和安装:

$ make -j
$ sudo make -j install

自行编译文档

如果系统中安装了 sphinx 和 LaTeX，则可以自行编译文档。一般情况下，不建议自行编译文档，官方提供的文档已经足够:

$ make -j docs_man          # 生成 man 文档
$ make -j docs_html         # 生成 HTML 文档
$ make -j docs_pdf          # 生成 PDF 文档
$ make -j docs_pdf_shrink   # 生成更小的 PDF 文档
$ sudo -j make install

修改环境变量

修改环境变量并使其生效：

$ echo 'export GMT5HOME=/opt/GMT-5.2.1' >> ~/.bashrc
$ echo 'export PATH=${GMT5HOME}/bin:$PATH'>> ~/.bashrc
$ echo 'export LD_LIBRARY_PATH=${LD_LIBRARY_PATH}:${GMT5HOME}/lib64'>> ~/.bashrc
$ exec $SHELL -l

说明

  • 第一个命令向 ~/.bashrc 中添加环境变量 GMT5HOME
  • 第二个命令修改 ~/.bashrc ，将 GMT5 的 bin 目录加入到 PATH 中
  • 第三个命令将 GMT5 的 lib 目录加入到动态链接库路径中，若为 32 位系统，则为 lib ；64 位系统则为 lib64 ；
  • 第四个命令是重新载入 bash，相当于 source ~/.bashrc
  • 某些发行版下可能需要写入到 ~/.bash_profile 而不是 ~/.bashrc
  • 某些发行版下可能需要退出再重新登陆，或关机重启

测试是否安装成功

在终端键入 gmt ，若出现如下输出，则安装成功:

$ gmt --version
5.2.1

Ubuntu 14.04/15.04 以及部分 Debian 用户，可能会出现如下信息:

$ gmt
Sub-commands for gmt:
install    install more modules
ERROR: Please specify valid params for 'gmt'.

出现该错误的原因是这几个发行版中的 libgenome-perl 包中提供了同名的命令 /usr/bin/gmt ，把该软件包卸载即可。

参考来源

  1. http://gmtrac.soest.hawaii.edu/projects/gmt/wiki/BuildingGMT
  2. GMT4.5.14 在 Linux 下的安装
  3. GMT5.1.2 在 Linux 下的安装

修订历史

  • 2015-11-13：根据 5.1.2 的安装步骤更新至 5.2.1；
  • 2015-12-23： GMT_USE_THREADS 功能需要安装 glib2 库文件；