新版本的 GMT 的编译与运行要求 netCDF 的版本大于 4，且支持 netCDF4/HDF5。即如果想要手动编译 netCDF4 以上的版本，则同时需要编译 hdf5，而 hdf5 又依赖于 zlib 和 szlib 等等包，所以手动编译 netcdf 相当不合算。
大多数发行版中应该都有 netcdf4，所以不会出现太多的问题。
CentOS 官方源中没有 netcdf，因而需要使用第三方源，直接将别人已经编译好的文件拿过来使用。其中最常用的就是 EPEL 和 RPMforge。而恰好二者都包含了 netcdf、netcdf-devel、hdf5、hdf5-devel 包。由此引发了一些冲突。
EPEL 中的 netcdf 版本为 4.1.1，其编译过程中依赖于 hdf5，因而当通过
sudo yum install netcdf netcdf-devel
安装 netcdf 时，hdf5 以及 hdf5-devel 会由于依赖关系而被自动安装。
而 RPMforge 中 netcdf 的版本为 4.1.2，其编译过程中没有加入 hdf5 依赖，所以当
sudo yum install netcdf netcdf-devel
时，hdf5 由于没有被依赖，所以不会被安装。
所以通过 EPEL 安装的 netcdf4 是可以被 GMT 使用的，而通过 RPMforge 安装的 netcdf4 是不能被使用的。而由于 RPMforge 的 netcdf 版本比 EPEL 的版本高，因而两个源共存时，RPMforge 的 netcdf 会被优先安装。（利用优先级插件设置之后好像没有用）
因而当遇到如下报错时:
-- Looking for nc_def_var_deflate
-- Looking for nc_def_var_deflate - not found
CMake Error at cmake/modules/FindNETCDF.cmake:127 (message):
Library found but netCDF-4/HDF5 format unsupported. Do not configure
netCDF-4 with --disable-netcdf-4.
Call Stack (most recent call first):
src/CMakeLists.txt:39 (find_package)
需要确认 netcdf 究竟来自于 EPEL 还是 RPMforge。
用来检查的命令如下:
查看当前系统中所使用的源 :
yum repolist查看优先的 netcdf-devel 的版本以及来自哪个源 :
yum info netcdf-devel查看 netcdf-devel 包依赖于哪些其他包 :
yum deplist netcdf-devel查看当前系统中已安装的相关包 :
rpm -qa | grep netcdf rpm -qa | grep hdf5
通过以上四个方法确认 netcdf 以及 hdf5 均来自于 EPEL，则没问题。
如果确认无误，依然出现如上报错，一个可能的原因是自己曾经尝试编译过 netcdf，并禁用了 hdf5 相关功能，而删除 netcdf 时没有删除干净，或者怎样。
如果真的没招了，可以查看编译 GMT 时的 build/CMakeFiles 目录下的 CMakeError.log 和 CMakeOutput.log 这两个日志文件，寻找与 netcdf 相关的部分。
其实质是找到 netcdf 的动态链接库，并通过如下 C 代码
#include <netcdf.h>
int main(int argc, char** argv)
{
(void)argv;
#ifndef nc_def_var_deflate
return ((int*)(&nc_def_var_deflate))[argc];
#else
(void)argc;
return 0;
#endif
}
检测动态链接库中是否定义了函数 nc_def_var_deflate 。